Về trách nhiệm của cơ quan quản lý, người phát ngôn Bộ Công an nhìn nhận, "lỗ hổng" nằm ở việc không kiểm soát hoạt động kế khai tài chính, để cho Công ty Phúc Sơn dù không thực hiện đầy đủ nghĩa vụ tài chính và thuế nhưng vẫn ngang nhiên hoạt động. Bên cạnh đó là năng lực thực tế của doanh nghiệp khi nhận dự án.
" Đây là doanh nghiệp nhỏ cấp huyện vươn lên trúng thầu nhiều dự án, có năng lực vừa phải nhưng mức độ nhận dự án mà các tập đoàn hùng mạnh còn ước mơ. Phó Tổng Giám đốc Tập đoàn Phúc Sơn mới học xong chương trình lớp 4. Nghèo vượt khó là tốt, là đáng khuyến khích nhưng trong quá trình làm giàu không được xâm phạm lợi ích chính đáng của Nhà nước và Nhân dân ", đại diện Bộ Công an thông tin.
Ông Tô Ân Xô cho biết thêm, cơ quan điều tra đang tập trung làm rõ, mở rộng điều tra để đảm bảo xử lý đúng người, đúng tội, thu hồi tài sản cho Nhà nước và Nhân dân.
Ngày 26/2, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã khởi tố vụ án "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng" xảy ra tại Công ty Cổ phần Tập đoàn Phúc Sơn, Công ty Cổ phần Đầu tư Thương mại và Bất động sản Thăng Long và các đơn vị liên quan.
Cơ quan Cảnh sát điều tra cũng ra các quyết định khởi tố bị can, bắt tạm giam đối với Nguyễn Văn Hậu (tên thường gọi Hậu "Pháo", Chủ tịch HĐQT Công ty CP Tập đoàn Phúc Sơn); Nguyễn Thị Hằng (Phó Tổng giám đốc Công ty CP Tập đoàn Phúc Sơn); Đỗ Thị Mai (kế toán trưởng Công ty CP Tập đoàn Phúc Sơn); Hoàng Thị Tuyết Hạnh (kế toán, Công ty CP Tập đoàn Phúc Sơn); Trần Hữu Định (Giám đốc Công ty cổ phần Đầu tư Nam Á Group); Nguyễn Hồng Sơn (lao động tự do).
Các bị can trên bị khởi tố vì có các hành vi giả mạo, khai man, để ngoài sổ sách kế toán doanh thu, tài sản liên quan... gây thiệt hại đặc biệt nghiêm trọng cho Nhà nước.